Обязанности ректора будет выполнять Рустам Сабирович Касимов. В настоящее время он также работает советником президента по вопросам взаимодействия с общественными и религиозными организациями и является ректором Академии государственного управления при президенте.
Согласно указу президента «О мерах по коренному совершенствованию деятельности в религиозно-просветительской сфере», Международной исламская академия была создана на базе Ташкентского исламского университета при Кабинете Министров и Исламской академии Узбекистана.